มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับการดำเนินงานและสนับสนุนนโยบายของรัฐบาลในการบริหารราชการแผ่นดิน การเสนอแนะนโยบาย กำหนดมาตรการ จัดทำแผนงาน  วางแนวทางและติดตามประเมินผลการปฏิบัติงานที่เกี่ยวข้องกับยุทธศาสตร์การจัดการปัญหาสถานะและสิทธิของบุคคล ยุทธศาสตร์ที่เกี่ยวข้องกับการแก้ปัญหาผู้หลบหนีเข้าเมือง สนับสนุนการปฏิบัติงานตามยุทธศาสตร์ความมั่นคงจังหวัดชายแดนภาคใต้ การพัฒนาคุณภาพชีวิตและการสร้างภูมิคุ้มกันให้เข้มแข็งภายใต้หลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง รวมทั้งการเสริมสร้างจิตสำนึกความเป็นไทยให้แก่ชุมชนบนพื้นที่สูงและจังหวัดชายแดนภาคใต้ งานคนเข้าเมืองตามกฎหมายว่าด้วยคนเข้าเมือง งานควบคุมดูแล การสกัดกั้นและการโยกย้ายถิ่นฐานของชาวเขาและชนกลุ่มน้อย งานด้านสังคมจิตวิทยาเพื่อเสริมสร้างความมั่นคงภายใน รวมทั้งการประสานงานและสนับสนุนการปฏิบัติงานตามนโยบายและยุทธศาสตร์ความมั่นคงในจังหวัดชายแดนภาคใต้ การปฐมนิเทศข้าราชการ และงานอื่นที่ได้รับมอบหมาย

       โดยให้ นายนฤดม  ทิมประเสริฐ ตำแหน่ง ผู้อำนวยการส่วนประสานราชการ (เจ้าพนักงานปกครองชำนาญการพิเศษ) เป็นผู้รับผิดชอบส่วนประสานราชการ (สปส.)

       ส่วนประสานราชการ แบ่งโครงสร้างภายในออกเป็น 3 กลุ่มงาน คือ

1. กลุ่มงานชนกลุ่มน้อย (กง.ชน.) แบ่งออกเป็น 2 ฝ่าย ประกอบด้วย

     1.1 ฝ่ายการกำหนดสถานะ (ฝ.กส.)

     1.2 ฝ่ายบริหารจัดการงานชนกลุ่มน้อย (ฝ.บน.)

2. กลุ่มงานคนเข้าเมือง (กง.คม.) แบ่งออกเป็น 2 ฝ่าย ประกอบด้วย

      2.1 ฝ่ายบริหารจัดการงานคนเข้าเมือง (ฝ.บข.)

      2.2 ฝ่ายควบคุมดูแลชนกลุ่มน้อย (ฝ.คน.)      

3. กลุ่มงานประสานงานปกครองจังหวัดชายแดนภาคใต้ (กง.ปต.) แบ่งออกเป็น 4 ฝ่าย ประกอบด้วย                    

      3.1 ฝ่ายประสานยุทธศาสตร์จังหวัดชายแดนภาคใต้ (ฝ.ปต.)

      3.2 ฝ่ายส่งเสริมด้านสังคมจิตวิทยาจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ฝ.สต.)  

      3.3 ฝ่ายช่วยอำนวยการประสานการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ฝ.ชต.)

      3.4 ฝ่ายช่วยอำนวยการ (ฝ.ชอ.)