มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการดำเนินงานตามพระราชบัญญัติการบริหารองค์กรศาสนาอิสลาม พ.ศ. 2540 งานพัฒนาและปรับปรุงระเบียบ ประกาศ คำสั่ง ข้อบังคับ ให้สอดคล้องกับกฎหมาย งานพิจารณาข้อร้องเรียนและตอบข้อหารือตามกฎหมายว่าด้วยการบริหารองค์กรศาสนาอิสลาม งานสนับสนุนและส่งเสริมการบริหารกิจการศาสนาอิสลามขององค์กรศาสนาอิสลามในทุกระดับ (คณะกรรมการอิสลามประจำมัสยิด คณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัด คณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทยและจุฬาราชมนตรี) งานสรรหาจุฬาราชมนตรี งานทะเบียนมัสยิด งานบริหารศูนย์บริหารกิจการศาสนาอิสลามแห่งชาติ เฉลิมพระเกียรติงานแก้ไขปัญหาความขัดแย้งอันเนื่องมาจากความแตกต่างในด้านศาสนาอิสลาม งานสนับสนุนค่าตอบแทนและค่าเบี้ยประชุมแก่ผู้นำศาสนาอิสลาม งานเสริมสร้างความสัมพันธ์ขององค์กรระหว่างประเทศมุสลิมและความสัมพันธ์อันดีกับผู้นำมุสลิมในทุกระดับ งานสนับสนุนทุนการศึกษาแก่นักศึกษามุสลิมจังหวัดชายแดนภาคใต้ งานเสริมสร้างสันติสุขในชุมชนมุสลิม งานสถิติและข้อมูลที่เกี่ยวกับองค์กรศาสนาอิสลาม งานตามนโยบายที่เกี่ยวข้องกับกิจการศาสนาอิสลาม และงานอื่นที่ได้รับมอบหมาย