มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับการเสนอแนะนโยบาย กำหนดมาตรการ จัดทำแผนงาน วางแนวทางปฏิบัติ วิจัยพัฒนา และติดตามประเมินผลการบริหารงานความมั่นคงภายในพื้นที่ชายแดน อำนวยการบริหารและประสานงานแก้ไขปัญหา ตามแนวเขตชายแดน ข้อตกลงผ่านแดน การสัญจรข้ามแดนระหว่างประเทศเพื่อนบ้าน การเสริมสร้างความสัมพันะ์กับประเทศเพื่อนบ้านในระดับพื้นที่ การแก้ไขปัญหาด้านสังคม จิตวิทยา และเสริมสร้างความเข้าใจอันดีในพื้นที่ชายแดน การส่งเสริมการมีส่วนร่วมของประชาชนในด้านรักษาความมั่นคงตามแนวชายแดน งานป้องกันและสกัดกั้นผู้หลบหนีเข้าเมือง และงานอื่นๆ ในพื้นที่ชายแดน เกี่ยวกับกิจการชายแดนตามนโยบายและยุทธศาสตร์ความมั่นคงของชาติ รวมทั้งการอำนวยการประสานงาน สนับสนุนกิจการผู้อพยพและผู้หลบหนีภัยจากการสู้รบ งานดูแลรักษาความสงบเรียบร้อย การสงเคราะห์ช่วยเหลือ การจัดทำทะเบียนประวัติของผู้อพยพภายในศูนย์อพยพหรือพื้นที่พักพิงชั่วคราว ภายใต้กรอบนโยบายและการสนับสนุนของ กระทรวง/กรม และหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องตลอดจนส่งเสริมและสนับสนุนการปฏิบัติงานด้านกิจการชายแดนและผู้อพยพของจังหวัด อำเภอ และงานอื่นๆ ที่ผู้บังคับบัญชามอบหมาย โดยแบ่งโครงสร้างภายในออกเป็น 2 กลุ่ม  ดังนี้

1. กลุ่มงานกิจการชายแดน

2. กลุ่มงานกิจการผู้อพยพ