มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับการดำเนินงานและสนับสนุนนโยบายของรัฐบาลในการบริหารราชการแผ่นดิน การเสนอแนะนโยบาย กำหนดมาตรการ จัดทำแผนงาน วางแนวทางและติดตามประเมินผลการปฏิบัติงานที่เกี่ยวข้องกับยุทธศาสตร์การจัดการปัญหาสถานะและสิทธิของบุคคล ยุทธศาสตร์แก้ปัญหาผู้หลบหนีเข้าเมืองทั้งระบบ การควบคุมดูแลชนกลุ่มน้อย สกัดกั้นและการโยกย้ายถิ่นฐานของชาวเขาและชนกลุ่มน้อย งานตรวจสอบ งานจัดประชุมคณะกรรมการและคณะอนุกรรมการพิจารณากลั่นกรองและเสนอความเห็นในการพิจารณากำหนดสถานะแก่ชนกลุ่มน้อย และงานคนเข้าเมืองตามกฎหมายว่าด้วยคนเข้าเมือง งานสนับสนุนและงานส่งเสริมการบริหารงานกิจการสาสนาอิสลามขององค์กรศาสนาอิสลาม และจุฬาราชมนตรี ตามกฎหมายว่าด้วยการบริหารองค์กรศาสนาอิสลาม งานบริหารศูนย์บริหารกิจการศาสนาอิสลามแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติ งานเสริมสร้างความสัมพันธ์ขององค์การระหว่างประเทศมุสลิม งานศาสนสัมพันธ์ สนับสนุนการปฏิบัติงานตามยุทธศาสตร์ความมั่นคงจังหวัดชายแดนภาคใต้ การพัฒนาคุณภาพชีวิตและการสร้างภูมิคุ้มกันให้เข้มแข็งภายใต้หลักปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียง รวมทั้งการเสริมสร้างจิตสำนึกความเป็นไทยให้แก่ชุมชนบนพื้นที่สูงและจังหวัดชายแดนภาคใต้ และงานอื่นที่ได้รับมอบหมาย โดยแบ่งโครงสร้างภายในออกเป็น 3 กลุ่มงาน 1 ศูนย์ (เทียบเท่ากลุ่มงาน)  ดังนี้

1. กลุ่มงานชนกลุ่มน้อย

2. กลุ่มงานสัญชาติและคนเข้าเมือง

3. กลุ่มงานบริการกิจการศาสนาอิสลาม

4. ศูนย์ประสานงานปกครองจังหวัดชายแดนภาคใต้